Ihren Namen hat die Gemeinde von der Stadtkirche
St. Johannis und der Klosterkirche St. Marien bekommen. In der Geschichte wurde die Kloster-, spätere Schlosskirche wenig als Gemeindekirche genutzt. Die Bevölkerung der Stadt ging in die Stadtkirche. Die Reihe der
Pfarrer, die die Gemeinde betreut haben, kann bis in die Reformationszeit zurückverfolgt werden. Für die Stadtkirchengemeinde ist sie ab 1541 bekannt. Die Gemeinde war reformiert geprägt. In der Schlosskirche wurde
durch Fürstin Gisela Agnes 1717 der erste lutherische Prediger eingestellt. Durch die Einführung der Union 1880 wurden die Gemeinden vereinigt.
Heute hat die Gemeinde etwa 600 Gemeindeglieder.
Zum Pfarramt gehören die Filialgemeinden St. Blasii Altenburg, St. Petri Hohenerxleben und Wedlitz-Wispitz.
Gottesdienst und Kindergottesdienst findet in der
Regel sonntags 10:15 statt. Ansonsten treffen sich in der Gemeinde Kreise für die verschiedenen Alters- und Interessengruppen. Höhepunkte sind die ökumenische Bibelwoche im Februar, die kirchlichen Festtage, die
jährliche goldene Konfirmation am Sonntag nach Pfingsten, das ökumenische Gemeindefest am Beginn des Schuljahres, das Erntedankfest. Die Gemeinde zeichnet sich durch ein außergewöhnliches ehrenamtliches Engagement
aus.
(Aktuelle Gottesdienste unter www.bernburg-evangelisch.de)
Mit dem Hospital St. Viti unterhält sie in Form einer Stiftung
ein Haus für „Altengerechtes Wohnen“ für ältere Bewohner der Stadt und der Umgebung. Die Stiftung wurde 1615 durch Fürst Ludwig von Anhalt-Köthen gegründet.
