Nach den Wirren des Bauernkrieges -mit Flucht und Wiedereinzug in das Kloster- wurden die Geistlichen von den weltlichen Machthabern nur noch geduldet. 1563 trat der Erzbischof von Magdeburg das Kloster an die anhaltischen Fürsten ab.

   Die ehemalige Klausur wird um 1690 umgebaut zum Witwensitz anhaltisch-köthenscher Fürstinnen, die Kirche ist Schloßkirche und Gotteshaus der lutherischen Gemeinde. Nach dem Aussterben der Linie Anhalt-Köthen  verkauft Herzog Friedrich das Schloß 1871 an Industrielle. Es wird im ausgehenden 19. Jahrhundert erst Reisstärke- und später Malzfabrik. Im Dezember 1996 wurde das Gelände durch einen verheerenden Brand teilweise zerstört. Erste Erhaltungsmaßnahmen beginnen.

     Die Kirche ist in relativ gutem Zustand. Sie ist im Besitz der Evangelischen Landeskirche Anhalts und wird von der evangelischen und der katholischen Ortsgemeinde gemeinsam genutzt. Die Gemeinden haben in der DDR-Zeit mit viel Mühe gemeinsam die Innenrenovierung vorgenommen. Nach der „Wende“ konnte mit Hilfe von vielen Spenden und Fördermitteln an der Außenrenovierung gearbeitet werden.

Wegen der zum Teil einzigartigen Ausstattung gehört die Kirche zur Straße der Romanik.

     Am 8.08.1004 stellt die Kirchweihe einen großen Höhepunkt in der Geschichte des Klosters dar. Abt war Ekkehard, der 1017 zum Bischof von Prag ernannt wird. König Heinrich II. (der spätere Kaiser) wohnt der Zeremonie bei und schenkt dem Kloster Besitzungen im unteren Spreewald und in der Nähe des heutigen Ortes Doberlug-Kirchhain. Von kirchlicher Seite wird die Weihe durch die Anwesenheit der Bischöfe aus Havelberg, Brandenburg, Zeitz, Merseburg und Speyer gewürdigt. Der Magdeburger Bischof nimmt sie vor.

     Wie die Ottonen fühlen sich auch die Salier dem Kloster verpflichtet und besuchen es immer wieder. Es hat seine politische Bedeutung durch die Einbindung in die ottonische, salische und frühstaufische Ostpolitik. Die Besitzungen erlangen in der kommenden Zeit respektablen Umfang.

     In der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts wird die Abtei Opfer ostsächsischer Auseinandersetzungen, die die Machtverhältnisse in der Region ändern. Die Reichsanbindung geht verloren. Das Kloster wird dem Erzbistum Magdeburg unterstellt. Die Streitigkeiten darum dauern lange. Das Kloster läßt sich nicht ohne Widerstand die Reichsunmittelbarkeit aberkennen. Trotzdem bleibt es ein Zentrum der Kultur, der Bildung, der Wirtschaft und der Frömmigkeit weit über den regionalen Bereich hinaus.